Genel Sekreterlik, FSM Vakıf Üniversitesindeki idari teşkilatın yönetim ve koordinasyonundan sorumlu birimdir. Direktörlükler ve ofisler, Genel Sekreterliğe bağlı faaliyetlerini yürütürler. Genel Sekreterlik; Genel Sekreter, Genel Sekreter Yardımcıları ve kendisine bağlı birimlerden oluşmaktadır.
Genel Sekreter, üniversite idari teşkilatının başındaki kişidir ve bu teşkilatın çalışmasından Rektör’e karşı sorumludur. Genel Sekreter Yardımcıları, Üniversitenin vizyon, strateji, hedef ve iş planları doğrultusunda, Genel Sekreter’in görevini yerine getirmesine destek olmak amacıyla, sorumluluğu altındaki idari süreçlerini yönetmek, Rektörlük, idari ve akademik birimler arasındaki koordinasyonu sağlamak, gerektiğinde YÖK ve diğer resmî kurumlarla yürütülen yazışma sürecinin ilgili mevzuata uygun çerçevede yapılmasını sağlamakla yükümlüdür.

